Q1：扩增效率低，实验组无扩增条带。

A1：(1) 引物

检查人工合成的引物是否因存储条件不当而降解；引物设计是否合理，可利用BLAST检查引物特异性或重新设计引物。

(2) 模板

长期放置、反复冻融会导致模板断裂、开环或降解，应使用新鲜制备的DNA双链作为模板；模板GC含量过高会导致DNA的双链无法打开，此时加入PCR Enhancer（货号P021），可以有效降低解链温度；模板的GC含量过低会导致扩增效率较差，可适当延长引物长度或通过梯度PCR摸索合适的反应条件；模板中存在抑制物，特别是甲醛固定及石蜡包埋的组织常含甲酸，会造成DNA脱嘌呤而影响PCR结果，建议稀释使用或重新制备；若模板为cDNA，要确认逆转录所用RNA的纯度及完整度。

(3) 酶

反应所用的酶因保存或运输不当而失活，建议更换新酶或用另一来源的酶重新实验。

(4) 扩增体系

反应体系配制错误，建议重复实验。

(5) 反应程序

检查变性温度是否准确，PCR仪指示温度与实际温度是否相符。如果温度过高，酶在前几个循环就迅速失活；温度过低则模板变性不彻底。可对退火温度设置梯度，摸索最佳的退火温度。检测延伸时间是否充足。

(6) Mg²⁺浓度不合适

Mg²⁺浓度过低可影响PCR产量甚至使PCR扩增失败；Mg²⁺浓度过高会降低PCR的特异性，应适当调整Mg²⁺浓度。

Q2：扩增特异性差，非特异性扩增。

A2：(1) 引物

引物设计不够优化。引物与靶序列有非特异性互补或自身聚合成二聚体，可降低引物浓度进行优化，必要时重新设计引物。

(2) 模板

模板不纯，被污染，需重新制备模板。

模板降解或过量，通过电泳检查模板完整性及浓度，必要时重新纯化模板。模板的使用量请参考说明书。

(3) 反应程序

反应程序不够优化。如果出现比目的条带小的杂带，可通过提高退火温度，降低循环数调整；如果出现比目的条带大的杂带，可缩短延伸时间、降低循环数。

(4) 酶

酶量加入过多。

Q3：扩增产物跑胶条带弥散或拖尾。

A3：(1) 胶

制胶时要使胶完全融化。

(2) 引物

检查人工合成的引物是否因存储条件不当而降解。

(3) 模板

模板降解或过量，可通过电泳检查模板完整性及浓度，必要时重新制备模板。模板的使用量请参考说明书。如果目的条带较长，模板是cDNA，要确认逆转录所用RNA的纯度及完整度，逆转录时不加随机引物重新逆转录。

(d) 反应程序

反应程序不够优化。退火温度不合适，可对退火温度设置梯度，摸索最佳的退火温度；尝试Touch Down 程序。

(e) 酶

酶量加入过多。

Q4：空白对照出现扩增产物。

A4：(1) 引物设计不合理

扩增序列与非目的扩增序列有同源性，PCR也可以扩增出非靶序列的序列。

(2) 若扩增产物条带大小与目的条带一致，说明有污染

更换新的Mix、水或引物重复实验。反应体系在超净工作台内配制，减少气溶胶污染。

(3) 为了避免靶序列受到整个基因组或大片段的交叉污染，操作时应小心轻柔，防止将靶序列吸入加样枪内或溅出离心管外。

(4) 为了避免靶基因受到空气中小片段核酸污染，可用巢式PCR方法减轻或消除污染。