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Q1:PM101一次可以扩多少个片段?是否有5’-3’外切酶活性?
A1:一次可以扩19个片段,有5’-3’外切酶活性。
Q2:跑胶后发现条带数量比目的条带数量少。
A2:可能和本身扩增长度有关系,有的条带之间大小太接近。建议通过重新跑胶看一下能不能区分开条带,胶浓度2.5%,用80V电压跑大长胶。
Q3:PM101的扩增产物是平末端还是粘性末端?
A3:粘性末端。
Q4:扩增产物少或没有扩增。
A4:(1) 确认PCR程序预变性条件为95℃ 5 min,以充分释放Multiplex DNA Polymerase活性。
(2) 使用高质量的引物,检查引物是否降解,确认引物浓度为0.1 μM。
(3) 增加PCR循环数。
(4) 降低退火温度(间隔1-3℃),必要时进行退火温度梯度尝试。确认退火时间为90 sec,必要时可延长退火时间至3 min。
(5) 检查单对引物的扩增性能和特异性。
(6) 扩增子高GC或含有复杂二级结构时,推荐尝试Multiplex GC Enhancer,添加终浓度为0.5 - 1.0 ×。
(7) 使用高质量的模板;确认DNA模板纯度、浓度;增加模板使用量。
(8) 产物过长,重新设计引物。
(9) 延长循环内延伸时间、延长彻底延伸时间。
(10) 提高低产或缺失扩增子引物使用量。
Q5:存在非特异性扩增。
A5:(1) 减少循环数。
(2) 提高退火温度。
(3) 减少引物使用量。
(4) 重新设计引物。
(5) 扩增子高GC或含有复杂二级结构时,推荐尝试Multiplex GC Enhancer,添加终浓度为0.5 - 1.0 ×。
Q6:电泳时条带模糊。
A6:(1) 减少循环数(每次减少3个循环)。
(2) 减少起始模板量。
(3) 延长彻底延伸步骤时间至15 - 30 min。
(4) 降低电泳电压,更换新的电泳缓冲液。
Q7:跑PAGE胶,有很多弥散条带,有时候还有微笑条带。
A7:建议延长延伸时间,降低循环数。